《抗戰歲月》展廳、《重慶大轟炸》半景畫演示：1938年2月18日至1943年8月23日，日本對戰時中國陪都重慶進行了長達5年半的戰略轟炸，製造了慘絕人寰的隧道慘案，造成山城千瘡百孔，滿目瘡痍，中國人民奮起反抗，掀起一場拯救民族危亡的保衛戰。
《壯麗三峽》展廳：小五爺踩在用玻璃隔水方式營造的長江水上，感受長江邊號子的吶喊和三峽文化，重溫“百萬大移民”的浩大聲勢，恍惚間還以為自己是三峽人。
《遠古巴渝》展廳：這是三峽博物館文物最豐富的一個展廳，依次展示了舊石器時代、新石器時代和青銅器時代，還生動還原了遠古巴人的生活場景，小五爺深切地感受了一把巴渝文化的魅力。
《重慶城市之路》展廳：從城市變遷、商貿金融、工業崛起、英雄城市等方面展示了重慶城市近代化的滄桑鉅變。
城市變遷：1929年2月，重慶正式建市；1937年國民政府發表移駐重慶宣言，重慶至此作為戰時陪都；1997年，重慶改為直轄市，是中國最年輕的直轄市。
商貿金融：晚清開埠後，重慶商貿往來頻繁，漸漸發展成為長江上游地區的經濟中心。
工業崛起：隨著重慶開埠和川江航運的近代化，重慶近代工業逐步興起。紡織、採煤、鋼鐵、兵工、機械產業十分繁榮，重慶機器製造業比較著名的有銅元局、華興機器廠、民生機器廠、天成機器廠、21軍武器修理廠等。如今重慶長安汽車前身即是兵工廠。
英雄城市：百年以來，重慶人民為爭取民族獨立、民主自由，湧現出一大批的愛國人士。為紀念這些英雄，重慶有不少以著名愛國人士命名的路，如解放碑附近的鄒容路。
西南民族文物展覽：館內展示的多是西南少數民族的服飾和少數民族文化。
漢代石刻、石闕、畫像磚和畫像石
古現代錢幣展：非常詳盡，篇幅有限，不一一介紹了。
歷代陶瓷器展：歷代及各地特色陶瓷品一應俱全，十分精美。
陶冷月的書畫展：一位十分偉大的書畫家，珍貴書畫更是數不盡數。
扇子展：在扇面作詩、作畫。
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