我國多有含“堡”字的地名，部分地名由來與古代戰事中屯兵駐守的“堡壘”有關。
古代駐軍搭建軍事防守用的建築物廢棄之後，邊民為避戰亂，最大限度地獲得保護，大多數在堡壘附近置家，久之則形成規模大小不等的集鎮。
隨著戰略地位的變更，大多軍事要塞在撤離後，原址附近的集鎮因人口集聚得以保留，並以軍事堡壘之名為其名，部分地名中的“堡”字讀音也從“保”音變為更具民居特色的“補”音。
明朝時，整個寧夏地區戰爭非常頻繁，明與蒙古勢力的戰爭此起彼伏。
水草肥美、草原廣闊的“小河套”紅寺堡，成為韃靼沿清水河南下襲擊固原的必經之地。
邊患的加劇，使紅寺堡成為屯軍防守之地，在古代寧夏南北通道上的重要戰略地位日益凸顯。
明武宗正德元年（1506年），任命楊一清總制陝西、甘肅、寧夏三鎮軍務，稱三邊總制，也稱三邊總督。楊一清上任之時，三邊“邊患之慘烈，達到空前絕後的地步”。
他到任之後，提出花馬池東路雖有千戶所守禦，可是兵力少而孤立，離興武營地很遠，有邊患戰事很難及時救援，便形成了將周邊的鳴沙州堡、韋州堡、下馬關等連成一個有效的防禦體系來禦敵侵略的構想，在奏明朝廷後修築了紅寺堡。
正是在這種背景之下，正德二年（1507年），楊一清上奏皇帝得到同意後，委派寧夏總兵鄭廉築成紅寺堡城。這座舊紅寺堡城的規模是“週迴一里五分。置旗軍四百一十七名。設操守官一員、管堡官一員。
領烽堠一十五”，15個烽火臺名稱都為當地名，分別在“黑山墩、小蠡山墩……”第9個名稱正是和紅寺堡同名的紅寺兒墩，可見早就有紅寺之名，建故城名稱自然這樣定了，這樣，一座古城堡呈現在了歷史的長河之中。
紅寺堡之名，自明代開始，因築城而有其名，一直沿用到今天。
另據寧夏考古所研究人員從明代紅寺堡古城遺址附近出土的西夏古錢幣推斷，重視州城堡寨建設的西夏，極有可能在重鎮韋州與鳴沙之間的東南邊緣紅寺堡設置一座堡寨，才有西夏錢幣出土，西夏修堡寨而有其名。
明代只是在荒廢和破爛的舊城基礎上進行了重建。
紅寺堡之名，還有一種依據史料的聯想，“紅寺堡”之名始於唐朝，乃大唐靈州大都督渾瑊之渾氏後裔居所，後來“渾氏”逐漸演變為“紅寺”，才有“紅寺堡”之名。
或者是得名於漢武帝時期，在安定屬國三水縣安置歸降的匈渾邪王部及後裔，居住的三水縣即今紅城水，“渾城”逐步演變成“紅城”，“渾氏”變為“紅寺”，才有今“紅城”和“紅寺堡”之稱。
目前，學術界關於紅寺堡得名緣由的論述中，認可度較高的說法為紅寺堡之名源於“紅寺”。
據《朔方道志·鎮戎縣》中“附舊志所載圮廢公所：紅寺、韋州等各有倉，今皆廢”的記載，在明正德二年（1507年）第一座紅寺堡古城創築以前的弘治年間，已經有“紅寺”記載，確證當地早就已經有古寺廟——紅寺。
此外，有張嘉謨的《帥府題名碑》介紹，自洪武年間到嘉靖年間，明代守衛寧夏鎮的有44位主將，突出介紹了25位主將的豐功偉績，其中有關於都督僉事、寧夏總兵李祥事蹟的簡略記載：“勇敢而成功紅寺者，李公祥。”記載了紅寺堡城建成前兩年的弘治十八年
（1505年）二月發生的戰事，即寧夏總兵李祥委派指揮仇鉞，在“紅寺”附近成功地切斷套部小王子掠固原的歸路，擊敗小王子的戰役證明，明弘治年間紅寺堡沒有創建之前，這裡確實已經有“紅寺”的存在。所以說，先有紅寺，後有紅寺兒墩和紅寺堡。
《明實錄》也記述此次戰事：“虜圍靈州久不克，因解去，散入內地四掠，指揮仇鉞設伏，要其路總兵官李祥復督諸軍馳援，戰走之，斬首三十二級，獲戰馬六十四匹，追回被虜男女十一人、駝馬驢騾牛羊三千六九十四匹。”
正因為有上述關於李祥將軍在紅寺組織伏擊套兵戰事的記載，證明明代人確實知道這裡有紅寺，於是，明代守衛邊塞的鎮將，在建造這個邊地要塞第一個古城的時候，就採用了當地軍事上小有名氣的“紅寺”，起名為“紅寺堡”。
早在宋元時這裡建有很多寺廟，寺廟方圓可達50多里，叫“紅富寺”，後來被損毀，近年來重建，改名“弘佛寺”，從出土的兩個泥塑佛頭和彩繪可以證明其歷史的存在。所以說，“紅寺堡”之名，源於當地一座古寺廟——“紅寺”。
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