1840 年4 月，英國政府以中國禁菸使英商遭受損失為由，組織了英國侵華遠征軍。
6 月，英國海軍少將、遠征軍司令喬治·懿律率四千多人，分乘十六艘軍艦，抵達珠江口海面，鑑於林則徐防守嚴密，無隙可乘，於是率船北上進犯閩浙沿海。林則徐早就通知沿海各省，認真備戰，可是各省官吏對林則徐" 嚴加防範" 的諮文置若罔聞，或飾詞應付，因此毫無戒備。
7 月，英軍攻陷定海。
8 月19 日，英軍突襲關閘炮臺，守軍進行了頑強的抵抗。
8 月31 日，廣東水師在礬石洋遭遇敵艦，雙方展開炮戰，斃敵十餘名。
與此同時，英軍北犯天津，威脅北京。
道光皇帝聞訊，十分驚慌，在侵略者威嚇和投降派的煽惑下，色厲內荏的道光皇帝馬上派直隸總督琦善與義律交涉。
琦善連忙向英軍送厚禮，並表示只要他們退回廣東，就答應他們提出的條件，同時，他又向道光帝誣衊戰爭是林則徐挑起的，昏庸的道光帝堅信不疑。
9 月17 日，道光皇帝改派琦善為欽差大臣，趕往廣東查辦。
20 日，道光帝決定以重治林則徐換取英軍退兵，他要琦善曉諭懿律說：" 上年林則徐等查禁菸土，未能仰體大公至正之意，以致受人欺矇，措置失當。茲所求昭雪之冤，大皇帝早有所聞，必當逐細察明，重治其罪。"
道光皇帝把一切責任推給了林則徐，表示要" 重治其罪" ，又自行承認禁菸是" 措置失當" ，真是怯懦已極。
9 月28 日，道光帝下旨譴責林則徐禁菸抗英是" 誤國病民" ，將林則徐、鄧廷楨交刑部嚴加懲處。
10 月3 日，林則徐、鄧廷楨革職。
林則徐被革職後，停留廣州，聽候查辦。
似乎所有這一切都已在林則徐的預料之中了，在他給夫人的一封信中寫道：" 予明知禁菸防礙奸夷大利，必有困難，而毅然決然不敢稍存畏葸之心者，蓋以身許國，但求福國利民，與民除害，自身生死尚付諸度外，譭譽更不計及也。"
在其位，自然謀其政，這是職責所在，不在其位，仍某其政，這是盡匹夫之責。
林則徐被革職之後，依舊請求道光帝，恩准他" 戴罪" 前赴浙江，隨營效力，奪回定海。但一片忠心卻被道光帝斥責為" 無理、可惡" ，真是忠而被謗，信而見疑，報國無門，但他毫不束手待" 罪" ，仍不時向護理兩廣總督的怡良獻策，冀望能夠維持兩廣的抗戰局面。12 月4 日，琦善正式接任兩廣總督。出於對廣東防務的關心，林則徐向琦善建議造船鑄炮，加強戰守，防備英軍的進犯，琦善不但不聽，反而以牛、羊、米" 犒勞" 英軍，乞求義律退讓，令林則徐氣憤不已。
義律利用琦善求和心切的心理，一再訛作，提出討還" 煙價" 、" 兵費" 、割地、開放口岸等14 條，叫哮一條不從，即用武力攻打。
1841 年1 月7 日，英軍攻陷了珠江口外的沙角、大角炮臺，守將陳連升父子英勇捐驅，虎門處於危急之中，愛國的文武官員紛紛向琦善請戰，並請求增派兵力。琦善不準，林則徐" 再難坐視" 了，請求琦善吩咐任務，為國效勞，被琦善拒絕。
1 月10 日，英軍進圍虎門靖遠、威遠炮臺，關天培請派援兵，琦善只許密派二百人。
關天培遣官向林則徐哭訴，林則徐悲憤交加地說：" 提、鎮能以死報國，亦是職所當然，但何不將此情形透切一奏，死後亦有申冤之日，即一時不能申冤，後世亦有記載。"
1 月27 日，道光帝接到英軍攻陷沙角、大角兩炮臺的奏報，他又傾向於主戰。削職聽候發落的林則徐、鄧廷楨又被請出來" 協辦夷務" ，林則徐悲喜交集，百感叢生。
當林則徐得知琦善秘密割讓香港給英軍後，心急如焚，雖然已無權彈劾琦善，因為林億被削職，但仍力勸廣東巡撫怡良彈劾琦善。
怡良因沒有見到琦善與英人議定的文稿證據而猶豫不決，林則徐於是召請愛國士商聲討琦善罪行。
在此情況下，怡良乃於2 月11 日上奏揭露琦善擅自出賣香港的罪行。
3 月12 日，道光帝接到怡良的密奏，下旨將琦善革職鎖拿，押解來京。
13 日，琦善在副都統英隆押解下，離開廣州進京。
英軍攻陷虎門，溯珠江而入，摧毀了烏湧炮臺。
2 月25 日，英軍進攻虎門，提督關天培領軍與敵苦戰。關天培" 身被創數十處" ，鎧甲浸透鮮血，仍舊鎮定自若地指揮，最後以身殉職。
林則徐聞訊之後，寫下了" 我不如你" 四個大字！
3 月1 日又攻佔了潖州炮臺，廣州告急，林則徐出資自僱壯勇出來應敵。
4 月14 日，靖逆將軍奕山、參贊大臣隆文和新任兩廣總督祁壎抵達廣州。林則徐上書防禦粵省方案六條，主要內容是整頓隊伍，恢復水師，在戰術方面實行固守防禦的方針，誘敵分散，再予襲擊。但他的建議被奕山否決了。
5 月1 日，林則徐接到道光皇帝" 賞給四品卿銜，迅即馳驛赴浙江省，聽候諭旨" 的命令。
5 月3 日，林則徐離開了廣州，懷著激憤的報國心情，趕赴抗英前線。
6 月11 日，林則徐到達鎮海，然後投入到了抗英運動之中。
6 月15 日，道光帝發出命令：" 其鎮海軍營事務，著派劉韻珂、餘步雲辦理，著林則徐暫行協同籌辦……如有摺奏，林則徐無庸列銜" 。
這道諭令清楚地表明，道光帝雖然在抵抗派的要求下，把林則徐派到浙江，但依然無意起用他。儘管如此，林則徐一如既往，依舊全身心地投到反侵略戰爭中去。
林則徐身在鎮海軍營，心裡念念不忘廣東的抗英鬥爭。到達鎮海的第三天，他接到廣東友人來信，獲悉5 月21 日夜，廣州" 焚燬擊壞夷船七隻，殲斃無算" ，非常高興。可是奕山指揮的廣東戰役開戰僅七天，就舉白旗投降。與英軍簽訂了可恥的《廣州和約》，向英軍交" 贖城費" 六百萬銀元，為了保全自己的面子，清廷將廣州戰役失敗的責任推給林則徐、鄧廷楨。
6 月28 日，道光帝下旨，將林則徐、鄧廷楨流放伊犁：" ……前任兩廣總督林則徐，經朕特給欽差大臣關防，辦理廣東事件，繼復令其實授總督，全省軍務，皆其統轄。既知兵丁染習甚深，便應多方訓導，勤加練習，其於夷務亦當德威並用，控馭得宜，乃辦理殊未妥協，深負委任。鄧廷楨業經革職，林則徐著革去四品卿銜，均從重發往伊犁，效力贖罪，即由各該處起解，以為廢弛營務者戒。"
對於林則徐而言，被罷官應該是其意料之中的事情，但對於流放伊利，則是意料之外的事情。
林則徐再次遭到懲辦, 真是晴天霹靂。他深感報國壯志未酬, 卻身蒙不白之冤, 心中充滿悲傷和憤慨。他自制印章一枚, 上刻" 寵辱皆忘" 四字, 意欲把以往皇帝對自己的所有寵愛和屈辱統統拋到九霄雲外, 對仕途心灰意冷------
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