落選首批211，對合肥工業大學上下士氣都是很大的打擊（詳見：
通過211工程預審的合肥工業大學卻最終落選—這個和安徽真沒關係）。且有許多辦學實力不如合肥工業大學的學校同樣進入了211工程，這讓學校師生員工感到非常憤懣。但恰在此時，國家又推出了《機構改革方案》，決意將原來的四十多個部委合併至29個，原機械工業部也在改革之列。按照改革方案，原直屬於這些部委的高校大部分將下放至地方，部分進入教育部直屬行列。對於其他部委來說，其直屬的全國重點大學多為1-2所，推選一所高校進入教育部直屬並不困難。但機械工業部直屬的全國重點大學卻多達5所，且合肥工業大學在機械工業部排名第三，想成為教育部直屬高校困難很大。
合肥工業大學校門
為什麼要進入教育部直屬行列？
進入教育部直屬高校，對合肥工業大學來說意義非凡。進入教育部直屬高校，實際上意味著合肥工業大學將成為“國立大學”，在辦學層次上將遠遠高於地方大學。其次，成為教育部直屬高校，意味著學校將在更高層次上競爭，可以與更高水平的高校進行交流。最後，進入直屬高校後，學校的辦學經費將來自中央，經費將大幅增長，辦學條件將大大改善，學科建設和人才培養將具有更充足的動力。因此，這是合肥工業大學必須抓住的一次良機，尤其是在落選首批211工程的前提下。
但真想辦成又談何容易。根據合肥工業大學原校長陳心昭的回憶文章可知，在初步擬定的改革方案中，擬由教育部直屬的高校僅有34所，合肥工業大學不在此列。且在改革方案審議大會上，包括機械工業部在內的各部門對這個結果都沒有異議。因此，如何衝破層層阻礙，進入教育部直屬高校行列，成為擺在時任校長陳心昭前面的一個難題（書記由於疾病復發，入院治療）。
合肥工業大學原校長陳心昭
逆風翻盤，去甲A踢聯賽
合肥工業大學在211工程立項建設一役中失利後，深知進入教育部直屬的重要性，因此上下齊心，將這件事當做頭等大事來抓，取得了良好的效果。
首先，合肥工業大學行動迅速。在部委改革方案剛剛出臺之際（此時進入教育部直屬高校的名單尚沒有確定），合肥工業大學方面就意識到了問題的急迫性，早早準備進京進行爭取。合肥工業大學方面不等不靠、儘早準備、努力爭取的態度奠定了勝利的基礎。
其次是合肥工業大學辦學實力較強，本身具備進入教育部直屬高校的潛質。據陳心昭校長回憶，在需要下放的91所部委高校中，合肥工業大學的綜合實力穩居前十位。與擬進入教育部直屬高校的34所高校相比，研究生招生規模大於合肥工業大學的只有三所，相等的只有兩所，其餘均小於合肥工大的研究生招生規模。這充分表明，合肥工業大學的辦學層次和辦學規模在擬進入直屬高校中同樣名列前茅。
合肥工業大學
再次是機械工業部和合肥工業大學校友的全力支持。在進行211工程建設時，機械工業部就頂住壓力，堅持對合肥工業大學進行了預審。在機械工業部即將被改組合並之際，機械工業部再次旗幟鮮明的表示，支持吉林工業大學、湖南大學和合肥工業大學進入教育部直屬高校。然後合肥工業大學在教育部和機械工業部的校友也起了很大的作用。
最後是合肥工業大學彼時面臨著體制改革的良機。1997年，原合肥工業大學與安徽工學院合併，組建了新的合肥工業大學。面臨著管理體制的改革，這對即將迎來合併的全國高校具有樣板作用。因此，抓好合工大的改革發展具有一定的積極意義。
合肥工業大學
是年7月3日，文件正式下發，包括東北大學和合肥工業大學在內的10所高校得以增列為教育部直屬高校，後二次擴容為75所至今。值得一提的是，合肥工業大學是當時44所直屬高校中唯一沒有進入211工程，是後來75所高校中唯二沒有進入211工程的高校。
後序
合肥工業大學劃轉教育部直屬，對學校的發展是一件具有里程碑意義的大事。在此基礎上，合肥工業大學得以與工信部、安徽省、國防科工局共建。並興建了翡翠湖校區和宣城校區，為學校的進一步壯大發展奠定了更加堅實的基礎。
2005年，合肥工業大學歷經多年最終圓夢，得以滾動進入211工程。2010年，得以入選985優勢學科建設平臺。2017年，得以入選雙一流建設學科高校...........
參考文獻：
[1] 陳心昭. 《1998年合肥工業大學重歸教育部紀實》.合肥工業大學建校65週年校慶文章.
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