首先，合夥企業是契約式企業，有限公司是股權式企業。我國的《合夥企業法》中規定，合夥企業是由各個合夥人依法確定合夥協議，共同出資，合夥經營，共享收益，共同承擔風險，並承擔無限連帶責任。合夥協議是合夥人享受權利與承擔義務的依據。合夥人的出資方式、金額和期限，合夥人分配利潤和分擔虧損的辦法，合夥企業的事務執行、解散和清算等問題都按照依法訂立的合夥協議來操作。《公司法》規定，有限公司股東按照比例出資，以其出資額為限對公司承擔責任，並且按照投入公司的資本額享有所有者的資產受益、重大決策和選擇管理者等權利。
其次，合夥企業不具有法人資格，有限公司具有法人資格，這是合夥企業和公司的最主要的區別。這一區別有兩重意義，第一說明合夥企業只具有相對獨立的人格，有限公司具有絕對獨立的人格。第二說明合夥企業的財產只具有相對獨立性，有限公司的財產具有絕對的獨立性。合夥企業是每一個獨立的合夥人根據合夥協議組合成立的，具有人合的性質。合夥企業只具有相對獨立的人格，它作為獨立的主體進行經營活動，可以使用自己的名義擁有財產、參與訴訟，享受其他各種權利，但在債務承擔方面，合夥人與合夥企業具有連帶關係。合夥人對企業的債務承擔無限連帶責任，每位合夥人都可代表其他合夥人享受權利和承擔義務，即使內部定有承擔債務責任比例的協議，也不能違反對外的無限連帶責任。
第三，合夥企業與有限公司在承擔責任方面的區別與產權結構方面的區別有密切的聯繫。合夥企業的產權結構為一元結構，但是公司的產權結構是二元結構。合夥企業的財產不屬於合夥組織獨立所有，而是合夥人共有的，因此合夥人與合夥企業是連帶責任關係。
第四，最後，合夥企業與公司在設立方式、運營結構、投資的撤出和轉讓以及企業的延續和解散等方面也有明顯的區別。
